常見(jiàn)的菌肥生產(chǎn)及農(nóng)業(yè)用菌一共有28種，他們的主要作用如下：
發(fā)酵有機(jī)肥，疏松土壤，增加土壤保水性，擴(kuò)大根系面積，增強(qiáng)光合、減少肥料使用量，提高產(chǎn)量，改善品質(zhì)。乳酸具有很強(qiáng)的殺菌能力，能有效抑制有害微生物的活動(dòng)和有機(jī)物的急劇腐敗分解。乳酸菌能夠分解在常態(tài)下不易分解的木質(zhì)素和纖維素，并使有機(jī)物發(fā)酵分解。乳酸菌還能夠抑制連作障礙產(chǎn)生的致病菌增殖。致病菌活躍，有害線蟲(chóng)會(huì)急劇增加，植物就會(huì)衰弱，乳酸菌抑制了致病菌，有害線蟲(chóng)便會(huì)逐漸消失。增加作物抗逆性、固氮，是最常見(jiàn)的農(nóng)業(yè)有益菌。附在病原菌的菌絲或產(chǎn)生抗菌物質(zhì)通過(guò)溶解溶菌作用；產(chǎn)生類(lèi)似細(xì)胞分裂素、植物生長(zhǎng)激素的物質(zhì)，促進(jìn)植物的生長(zhǎng)；誘導(dǎo)植物產(chǎn)生抗性及促進(jìn)植物生長(zhǎng)；枯草芽孢桿菌對(duì)土壤微生物的呼吸強(qiáng)度的影響；在光照不足環(huán)境中能提高作物光合作用，施入土壤后，可迅速激活植物細(xì)胞活性，促進(jìn)根系發(fā)育，提高光合作用和生殖生長(zhǎng)能力。5、涇陽(yáng)鏈霉菌（5406）：是細(xì)黃鏈霉菌的一種乳糖變種。具有增強(qiáng)土壤肥力、刺激作物生長(zhǎng)的能力。全球70%殺菌劑由該菌提取，對(duì)土壤病害效果顯著，72小時(shí)對(duì)根結(jié)線蟲(chóng)卵塊孵化抑制率達(dá)到82.3%。一是可加速有機(jī)物的分解，進(jìn)而釋放作物所必須的各種營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)。研究發(fā)現(xiàn)，其轉(zhuǎn)化有效氮的效率為5%～13%，有效磷可達(dá)到7%～15%，有效鉀的效率高達(dá)8%～16%；二是增強(qiáng)光合作用和誘發(fā)抗逆基因表達(dá)，提高作物對(duì)干旱，雨澇，低溫等不良環(huán)境的抗病、抗逆能力；三是可以在一定程度上改善土壤的結(jié)構(gòu)，這是由于它可以分泌一種有利于土壤團(tuán)粒結(jié)構(gòu)形成的膠性物質(zhì)，使土壤疏松、透氣、保水，進(jìn)而增強(qiáng)土壤肥力。解鉀，釋放出可溶磷鉀元素及鈣、硫、鎂、鐵、鋅、鉬、錳等中微量元素。分泌抗菌物質(zhì)抑制植物病原細(xì)菌、真菌、病毒、線蟲(chóng)；產(chǎn)生拮抗作用抑制有害病原物的生長(zhǎng)或發(fā)展或直接殺滅病原物；營(yíng)養(yǎng)與空間的競(jìng)爭(zhēng)，迅速地?fù)屨脊邆诘臓I(yíng)養(yǎng)空間生長(zhǎng)存活并大量繁殖；誘導(dǎo)寄主產(chǎn)生抗性，誘導(dǎo)植物自然防御機(jī)能；產(chǎn)生赤霉素、吲哚乙酸、細(xì)胞分裂素，促進(jìn)植物生長(zhǎng)等。可降低環(huán)境中的氨氣、硫化氫等有害氣體。提高果實(shí)中氨基酸的含量。促進(jìn)植物根系生長(zhǎng)，增強(qiáng)根系吸收能力，從而提高作物產(chǎn)量；抑制植物體內(nèi)外病原菌繁殖，減輕病蟲(chóng)害，降低農(nóng)藥殘留；改良疏松土壤，解決土壤板結(jié)現(xiàn)象，從而活化土壤，提高肥料利用率；增強(qiáng)植物新陳代謝，促進(jìn)光合作用和強(qiáng)化葉片保護(hù)膜，抵抗病原菌；增強(qiáng)光合作用，提高化肥利用率，降低硝酸鹽含量；固化若干重金屬，降低植物體內(nèi)重金屬含量。
抗病、殺滅有害菌，提高作物抗病、抗寒、抗旱能力；增加土壤養(yǎng)分、改良土壤結(jié)構(gòu)、提高化肥利用率；促使土壤中的有機(jī)質(zhì)分解成腐殖質(zhì)，刺激作物生長(zhǎng)。促進(jìn)作物生長(zhǎng)、成熟、降低成本、增加產(chǎn)量、提高收入；有一定的固氮、解磷、解鉀作用。生發(fā)出大量菌絲，將水肥輸送到毛細(xì)根，從而擴(kuò)大根系吸水吸肥的區(qū)域使秸稈中的有機(jī)質(zhì)成為植物生長(zhǎng)所需的營(yíng)養(yǎng)，提高土壤有機(jī)質(zhì)，改善土壤結(jié)構(gòu)。增加種子的萌發(fā)率，促進(jìn)根部生長(zhǎng)，增強(qiáng)植株活力。其中的綠色木霉孢子粉可直接加入腐熟劑、有機(jī)肥料、生物菌劑等肥料中，在分解纖維、病理防治中有重要作用。灌根，可防治植物細(xì)菌和真菌性土傳病害，并使葉部細(xì)菌和真菌病害明顯減少；并具有明顯的促生長(zhǎng)、增產(chǎn)作用。微生物源殺菌劑，主要應(yīng)用于防治土壤傳播的細(xì)菌性病害,如姜瘟病、茄子青枯病、辣椒青枯病等。蠟質(zhì)芽孢桿菌能通過(guò)體內(nèi)的SOD酶，提高作物對(duì)病菌和逆境危害引發(fā)體內(nèi)產(chǎn)生氧的清除能力，調(diào)節(jié)作物細(xì)胞微生境，維護(hù)細(xì)胞正常的生理代謝和生化反應(yīng)，提高抗逆性，加速生長(zhǎng)，提高產(chǎn)量和品質(zhì)。蠟樣（狀）芽胞桿菌可產(chǎn)生抗菌物質(zhì)，抑制有害微生物的繁殖，降解土壤中的營(yíng)養(yǎng)成分，改善生態(tài)環(huán)境。殺蟲(chóng)(包括根結(jié)線蟲(chóng))，對(duì)鱗翅目等節(jié)肢動(dòng)物有特異性的毒殺活性。對(duì)多種線蟲(chóng)都有防治效能，是防治根結(jié)線蟲(chóng)最有前途的生防制劑，稱(chēng)之為“地下害蟲(chóng)專(zhuān)殺”，且可以反復(fù)侵染，長(zhǎng)期持效，一次用藥，整季無(wú)蟲(chóng)的特點(diǎn)。對(duì)蠐螬、金針蟲(chóng)、地老虎、螻蛄等鞘翅目、鱗翅目、直翅目地下害蟲(chóng)，有很好的殺滅作用；并可侵染多種磷翅目幼蟲(chóng)，對(duì)松毛蟲(chóng)防效顯著，對(duì)菜青蟲(chóng)玉米螟小菜蛾、大豆食心蟲(chóng)、稻苞蟲(chóng)等防效良好。對(duì)直翅目（蝗蟲(chóng)）、鱗翅目（蛾類(lèi)害蟲(chóng)）、雙翅目（蚊蠅類(lèi)害蟲(chóng)）和鞘翅目（甲蟲(chóng)）等7目200多種昆蟲(chóng)，對(duì)地下害蟲(chóng)蠐螬、地老虎、地蛆效果也較為理想。在植物根圍生長(zhǎng)并形成“保護(hù)罩”，以防止根部病原真菌的侵染。能分泌酶及抗生素類(lèi)物質(zhì)，分解病原真菌的細(xì)胞壁。作為一種生防菌可以用來(lái)預(yù)防由腐霉菌、立枯絲核菌、鐮刀菌、黑根霉、柱孢霉、核盤(pán)菌、齊整小核菌等病原菌引起的植物病害。橢圓形，金龜子芽孢桿菌在特殊培養(yǎng)基上可以進(jìn)行營(yíng)養(yǎng)生長(zhǎng)，但在培養(yǎng)基上產(chǎn)生大量有活性的芽孢仍然受到限制。金龜子類(lèi)的專(zhuān)性寄生菌，可以感染蠐螬使其患上A型乳化病。滅蚊病原微生物之一，其滅蚊選擇性強(qiáng)，對(duì)非靶生物和人畜無(wú)毒性，在自然界中易降解不污染環(huán)境。對(duì)不同蚊幼蟲(chóng)的毒殺作用主要是由其產(chǎn)生的毒素蛋白實(shí)現(xiàn)的：一類(lèi)是晶體毒素蛋白；另一類(lèi)是Mtx毒素蛋白。緩病芽抱桿(Bacilluslentimorbus)，使蠐螬產(chǎn)生B型乳狀病。對(duì)蒙古麗金龜、銅綠麗金龜?shù)葹楹ㄉ南x(chóng)種有較強(qiáng)的致病力。
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